درود

box sizing و مارجین و پدینگ سه ویژگی مجزا هستند. همونطور که گفتید استفاده از box sizing دو مورد دیگر رو بی اثر میکنه اما ممکنه شما روی یک المان نخواید ازش استفاده کنید و در اونجا باید سراغ دو مورد دیگر برید.

اینکه به هرکدوم چقدر مقدار بدید بستگی به طرحی که میزنید داره و معمولا با توجه به نوع طراحی صفحه خودتون برآورد میکنید استفاده از کدوم کارتون رو راحت میکنه.