سلام،

کافیه یک متغیر count یا attempt بذاری و چک کنی چند بار تلاش اشتباه شده:

var attempts = 0;
for(var i=0; i<3; i++){
 pass = prompt("پسورد خود را وارد کنید..");
 if(pass == "123456789"){
   alert("با موفقیت وارد شدید");
   break;
 } else {
   attempts++;
   alert("رمز اشتباه است. تعداد دفعات باقی مانده: " + (3 - count));
 }
}
if(attempts == 3){
 alert("حساب کاربری شما مسدود شد");
}

یا به این شکل با while هم میتونی بنویسی:

let attempts = 0;
while(attempts < 3) {
 let pass = prompt("Password:");
 if(pass == "123456789") {
   alert("Logged in successfully!"); 
   break;
 }
 attempts++;
}
if(attempts == 3) {
 alert("Your account is blocked."); 
}