سلام من برای مسئله شما از این روش استفاده کردم که جواب داد به این شکل که اگه 

کاربر بگه ادمین وارد شرط پسورد میشه اگه پسورد رو درست بزنه پیغام خوش آمدید به نمایش در میاد در غیر این صورت میگه پسورد اشتباه هست.

اگر که کاربر نتونه در مرحله اول ادمین رو وارد کنه اصلا وارد شرط پسورد نمیشه و پیغام من شما رو نمیشناسم به کاربر نمایش داده میشه.

لطفا روش حل مسئله رو چک کنید و نظر خودتون رو بیان کنید.

    var user = prompt("Who You Are?");
    if(user == "Admin"){
        var pass = prompt("Whats your password?")
        if(pass == "TheMaster"){
            alert("Welcome...");
        } else if  (pass !== "TheMaster") {
            alert("Wrong Password!");
        }
    } else if(user !== "Admin") {
        alert("i dont who you are?")
    }