سلام،

برای این کار از توابعی مثل exec, shell_exec, system یا passthru استفاده میکنن. یه مثال ساده:

$output = shell_exec('dir');
echo "

$output

این کد دستور dir رو توی cmd اجرا میکنه و خروجیش رو نشون میده.

البته php اکثرا روی سرورهای لینوکسی اجرا میشوند و کامندهایی که میزنید باید مطابق باید ترمینال لینوکس باشد.